Зараз кінець 26-го століття. Земля відновлюється після катастрофічного вибуху, який знищив більшість населення століття тому і зробив більшу частину поверхні непридатною для життя через неземні погодні умови. Люди, що вижили, організувалися згідно з чотирма радикально різними ідеологіями, які називаються Шляхами, щоб відбудувати світ на свій розсуд: Гармонія, Домінування, Прогрес і Порятунок. Послідовники чотирьох Шляхів живуть у крихкому мирі, але майже в повній ізоляції один від одного. Їхня єдина точка зустрічі - останнє велике місто на Землі, тепер відоме просто як Столиця.

Використовуючи таємничі Часові розломи, що відкрилися після катаклізму, кожен Шлях може повернутися до певних моментів свого минулого. Це може значно прискорити їхній прогрес, але надмірне втручання може поставити під загрозу просторово-часовий континуум. Але прогрес зараз важливіший, ніж будь-коли раніше: якщо вірити таємничому посланню, що надходить через часовий розлом, на горизонті маячить ще страшніший катаклізм: до Землі прямує астероїд, що містить загадкову речовину під назвою Нейтроній. Що ще більш дивно, вчені показують, що енергетична сигнатура астероїда відповідає вибуху столітньої давнини...

Анахронія має унікальну дворівневу систему працевлаштування робітників. Щоб подорожувати до Столиці або вирушати в спустошені райони за ресурсами, гравцям потрібні не тільки різні фахівці (Інженери, Науковці, Адміністратори та Генії), але й Екзокостюми для їх захисту та покращення - і те, і інше в дефіциті.